Masspek-data...

Maria tillbringar för närvarande sina dagar framför datorn med en massa data från masspektrometri-körningar. Har inte tillgång till orginaldata, utan databassökning (mot Arabidopsis) är redan gjord. Finns det flera tusen spektra, så görs databassökning med fördel automatiskt. Mitt jobb just nu är att kolla om resulaten från databassökningen verkar rimliga. Ingen i forskningsgruppen har erfarenhet från masspektrometri, så jag anses som "experten". Kolla alla spektra hinner jag givetvis inte, utan riktar in mig på några proteiner som verkar intressanta att gå vidare med (t ex är ubiquitinerade). Småproblem dyker upp - masspektrometern verkar inte optimalt kalibrerad (ger sämre sökresultat) och mindre exakt än instrumentet jag är van vid (i Linköping).

Inser att jobba manuellt och att förlita sig till databassökningar (med vissa tröskelvärden satta) är två helt olika saker. Litar inte alls på resultaten från databassökningen, utan har i flera fall hittat annan peptid som blivit sekvenserad (t ex kontaminering från humant keratin). Stor skillnad på att förlita sig till tröselvärden för databassökningen och sedan utgå från listan av resultat, jämfört med att veta lite mer om masspektrometri och vara säker på resultatet. (Tack Alex för att du lärt mig från grunden)